1.基本配置
导入包和版本查询
import torch
import torch.nn as nn
import torchvision
print(torch.__version__)# PyTorch version
print(torch.version.cuda)#Corresponding CUDA version
print(torch.backends.cudnn.version())#Corresponding cuDNN version
print(torch.cuda.get_device_name(0))#GPU type
可复现性
在硬件设备(CPU、GPU)不同时,完全的可复现性无法保证,即使随机种子相同。但是,在同一个设备上,应该保证可复现性。具体做法是,在程序开始的时候固定torch的随机种子,同时也把numpy的随机种子固定。
np.random.seed(0)
torch.manual_seed(0)
torch.cuda.manual_seed_all(0)
显卡设置
如果只需要一张显卡
# Device configuration
device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')
如果需要指定多张显卡,比如0,1号显卡。
import os
os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0,1'
也可以在命令行运行代码时设置显卡:
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1 python train.py
清除显存:
torch.cuda.empty_cache()
也可以使用在命令行重置GPU的指令:
nvidia-smi --gpu-reset -i [gpu_id]
或在命令行可以先使用ps找到程序的PID,再使用kill结束该进程
ps aux | grep python
kill -9 [pid]
设置为cuDNN benchmark模式
Benchmark模式会提升计算速度,但是由于计算中有随机性,每次网络前馈结果略有差异。
torch.backends.cudnn.benchmark = True
如果想要避免这种结果波动,设置
torch.backends.cudnn.deterministic = True
2.张量(Tensor)处理
创建张量
#data只能是已知的数据,不能是数据的维度
torch.tensor(data)
#可以是data,也可以是维度
#data:
torch.Tensor(data)
#维度,维度为(1,2,3)
torch.Tensor(1,2,3)
张量基本信息
tensor = torch.randn(3,4,5)
print(tensor.type()) # 数据类型
print(tensor.size()) # 张量的shape,是个元组
print(tensor.dim()) # 维度的数量
切片与索引
将图片设定为[batch_size, channel, height, width]的四维矩阵。
a = torch.rand(4, 3, 28, 28)
对第一维进行索引,可以认为是第一个图片的三个维度通道的28*28的像素点。:
print(a[0].size())
torch.Size([3, 28, 28])
第一个图片的第一个维度通道的28*28的像素点:
print(a[0, 0].size())
torch.Size([28, 28])
具体到某一个像素点时:
print(a[0, 0, 2, 3])
tensor(0.4736)
取连续的索引:
print(a[:2].shape)
torch.Size([2, 3, 28, 28])
同理:
# 1写在:前面,表明从1个通道开始到末尾,,不包括1
print(a[:2, 1:, :, :].shape)
当索引出现-1时,要提到一个知识点:
# 默认索引的顺序为[0, 1, 2],当倒着写时变为[-3, -2, -1]。由于这里取-1,因此为最后一位。
print(a[:2, -1:, :, :].shape)
torch.Size([2, 1, 28, 28])
当想隔点取样输出时:
#输出全部batch和channel,对每个高和宽间隔2个点采样
print(a[:, :, 0:28:2, 0:28:2].shape)
torch.Size([4, 3, 14, 14])
#可简化为:
print(a[:, :, ::2, ::2].shape)
命名变量
# 在PyTorch 1.3之前,需要使用注释
# Tensor[N, C, H, W]
images = torch.randn(32, 3, 56, 56)
images.sum(dim=1)
images.select(dim=1, index=0)
# PyTorch 1.3之后
NCHW = [‘N’, ‘C’, ‘H’, ‘W’]
images = torch.randn(32, 3, 56, 56, names=NCHW)
images.sum('C')
images.select('C', index=0)
# 也可以这么设置
tensor = torch.rand(3,4,1,2,names=('C', 'N', 'H', 'W'))
# 使用align_to可以对维度方便地排序
tensor = tensor.align_to('N', 'C', 'H', 'W')
数据类型转换
# 设置默认类型,pytorch中的FloatTensor远远快于DoubleTensor
torch.set_default_tensor_type(torch.FloatTensor)
# 类型转换
tensor = tensor.cuda()
tensor = tensor.cpu()
tensor = tensor.float()
tensor = tensor.long()
torch.Tensor与np.ndarray转换
除了CharTensor,其他所有CPU上的张量都支持转换为numpy格式然后再转换回来。
ndarray = tensor.cpu().numpy()
tensor = torch.from_numpy(ndarray).float()
tensor = torch.from_numpy(ndarray.copy()).float() # If ndarray has negative stride.
从只包含一个元素的张量中提取值
value = torch.rand(1).item()
张量形变
# 在将卷积层输入全连接层的情况下通常需要对张量做形变处理,
# 相比torch.view,torch.reshape可以自动处理输入张量不连续的情况。
tensor = torch.rand(2,3,4)
shape = (6, 4)
tensor = torch.reshape(tensor, shape)
张量复制
# Operation | New/Shared memory | Still in computation graph |
tensor.clone() # | New | Yes |
tensor.detach() # | Shared | No |
tensor.detach.clone()() # | New | No |
张量拼接
'''
注意torch.cat和torch.stack的区别在于torch.cat沿着给定的维度拼接,
而torch.stack会新增一维。例如当参数是3个10x5的张量,torch.cat的结果是30x5的张量,
而torch.stack的结果是3x10x5的张量。
'''
tensor = torch.cat(list_of_tensors, dim=0)
tensor = torch.stack(list_of_tensors, dim=0)
将整数标签转为one-hot编码
# pytorch的标记默认从0开始
tensor = torch.tensor([0, 2, 1, 3])
N = tensor.size(0)
num_classes = 4
one_hot = torch.zeros(N, num_classes).long()
one_hot.scatter_(dim=1, index=torch.unsqueeze(tensor, dim=1), src=torch.ones(N, num_classes).long())
得到非零元素
torch.nonzero(tensor) # index of non-zero elements,包含点坐标的列表向量
torch.nonzero(tensor==0) # index of zero elements
torch.nonzero(tensor).size(0) # number of non-zero elements
torch.nonzero(tensor == 0).size(0) # number of zero elements
判断两个张量相等
torch.allclose(tensor1, tensor2) # float tensor
torch.equal(tensor1, tensor2) # int tensor
张量扩展
# Expand tensor of shape 64*512 to shape 64*512*7*7.
tensor = torch.rand(64,512)
torch.reshape(tensor, (64, 512, 1, 1)).expand(64, 512, 7, 7)
矩阵乘法
# Matrix multiplcation: (m*n) * (n*p) * -> (m*p).
result = torch.mm(tensor1, tensor2)
# Batch matrix multiplication: (b*m*n) * (b*n*p) -> (b*m*p)
result = torch.bmm(tensor1, tensor2)
# Element-wise multiplication.
result = tensor1 * tensor2
计算两组数据之间的两两欧式距离
利用broadcast机制
dist = torch.sqrt(torch.sum((X1[:,None,:] - X2) ** 2, dim=2))
3.模型定义和操作
计算模型整体参数量
num_parameters = sum(torch.numel(parameter) for parameter in model.parameters())
查看网络中的参数
可以通过model.state_dict()或者model.named_parameters()函数查看现在的全部可训练参数(包括通过继承得到的父类中的参数)
params = list(model.named_parameters())
(name, param) = params[28]
print(name)
print(param.grad)
print('-------------------------------------------------')
(name2, param2) = params[29]
print(name2)
print(param2.grad)
print('----------------------------------------------------')
(name1, param1) = params[30]
print(name1)
print(param1.grad)
类似 Keras 的 model.summary() 输出模型信息(使用pytorch-summary )
模型权重初始化
注意 model.modules() 和 model.children() 的区别:model.modules() 会迭代地遍历模型的所有子层,而 model.children() 只会遍历模型下的一层。
# Common practise for initialization.
for layer in model.modules():
if isinstance(layer, torch.nn.Conv2d):
torch.nn.init.kaiming_normal_(layer.weight, mode='fan_out',
nonlinearity='relu')
if layer.bias is not None:
torch.nn.init.constant_(layer.bias, val=0.0)
elif isinstance(layer, torch.nn.BatchNorm2d):
torch.nn.init.constant_(layer.weight, val=1.0)
torch.nn.init.constant_(layer.bias, val=0.0)
elif isinstance(layer, torch.nn.Linear):
torch.nn.init.xavier_normal_(layer.weight)
if layer.bias is not None:
torch.nn.init.constant_(layer.bias, val=0.0)
# Initialization with given tensor.
layer.weight = torch.nn.Parameter(tensor)
提取模型中的某一层
modules()会返回模型中所有模块的迭代器,它能够访问到最内层,比如self.layer1.conv1这个模块,还有一个与它们相对应的是name_children()属性以及named_modules(),这两个不仅会返回模块的迭代器,还会返回网络层的名字。
# 取模型中的前两层
new_model = nn.Sequential(*list(model.children())[:2]
# 如果希望提取出模型中的所有卷积层,可以像下面这样操作:
for layer in model.named_modules():
if isinstance(layer[1],nn.Conv2d):
conv_model.add_module(layer[0],layer[1])
部分层使用预训练模型
注意如果保存的模型是 torch.nn.DataParallel,则当前的模型也需要是
model.load_state_dict(torch.load('model.pth'), strict=False)
4.模型训练和测试
model.eval()和with torch.no_grad()的区别
在PyTorch中进行validation时,会使用model.eval()切换到测试模式,在该模式下,
- 主要用于通知dropout层和batchnorm层在train和val模式间切换
在train模式下,dropout网络层会按照设定的参数p设置保留激活单元的概率(保留概率=p); batchnorm层会继续计算数据的mean和var等参数并更新。
在val模式下,dropout层会让所有的激活单元都通过,而batchnorm层会停止计算和更新mean和var,直接使用在训练阶段已经学出的mean和var值。 - 该模式不会影响各层的gradient计算行为,即gradient计算和存储与training模式一样,只是不进行反传(backprobagation)
而with torch.zero_grad()则主要是用于停止autograd模块的工作,以起到加速和节省显存的作用,具体行为就是停止gradient计算,从而节省了GPU算力和显存,但是并不会影响dropout和batchnorm层的行为。
使用场景
如果不在意显存大小和计算时间的话,仅仅使用model.eval()已足够得到正确的validation的结果;而with torch.zero_grad()则是更进一步加速和节省gpu空间(因为不用计算和存储gradient),从而可以更快计算,也可以跑更大的batch来测试。
自定义loss
继承torch.nn.Module类写自己的loss。
class MyLoss(torch.nn.Moudle):
def __init__(self):
super(MyLoss, self).__init__()
def forward(self, x, y):
loss = torch.mean((x - y) ** 2)
return loss
标签平滑(label smoothing)
写一个label_smoothing.py的文件,然后在训练代码里引用,用LSR代替交叉熵损失即可。label_smoothing.py内容如下:
import torch
import torch.nn as nn
class LSR(nn.Module):
def __init__(self, e=0.1, reduction='mean'):
super().__init__()
self.log_softmax = nn.LogSoftmax(dim=1)
self.e = e
self.reduction = reduction
def _one_hot(self, labels, classes, value=1):
"""
Convert labels to one hot vectors
Args:
labels: torch tensor in format [label1, label2, label3, ...]
classes: int, number of classes
value: label value in one hot vector, default to 1
Returns:
return one hot format labels in shape [batchsize, classes]
"""
one_hot = torch.zeros(labels.size(0), classes)
#labels and value_added size must match
labels = labels.view(labels.size(0), -1)
value_added = torch.Tensor(labels.size(0), 1).fill_(value)
value_added = value_added.to(labels.device)
one_hot = one_hot.to(labels.device)
one_hot.scatter_add_(1, labels, value_added)
return one_hot
def _smooth_label(self, target, length, smooth_factor):
"""convert targets to one-hot format, and smooth
them.
Args:
target: target in form with [label1, label2, label_batchsize]
length: length of one-hot format(number of classes)
smooth_factor: smooth factor for label smooth
Returns:
smoothed labels in one hot format
"""
one_hot = self._one_hot(target, length, value=1 - smooth_factor)
one_hot += smooth_factor / (length - 1)
return one_hot.to(target.device)
def forward(self, x, target):
if x.size(0) != target.size(0):
raise ValueError('Expected input batchsize ({}) to match target batch_size({})'
.format(x.size(0), target.size(0)))
if x.dim() < 2:
raise ValueError('Expected input tensor to have least 2 dimensions(got {})'
.format(x.size(0)))
if x.dim() != 2:
raise ValueError('Only 2 dimension tensor are implemented, (got {})'
.format(x.size()))
smoothed_target = self._smooth_label(target, x.size(1), self.e)
x = self.log_softmax(x)
loss = torch.sum(- x * smoothed_target, dim=1)
if self.reduction == 'none':
return loss
elif self.reduction == 'sum':
return torch.sum(loss)
elif self.reduction == 'mean':
return torch.mean(loss)
else:
raise ValueError('unrecognized option, expect reduction to be one of none, mean, sum')
或者直接在训练文件里做label smoothing
for images, labels in train_loader:
images, labels = images.cuda(), labels.cuda()
N = labels.size(0)
# C is the number of classes.
smoothed_labels = torch.full(size=(N, C), fill_value=0.1 / (C - 1)).cuda()
smoothed_labels.scatter_(dim=1, index=torch.unsqueeze(labels, dim=1), value=0.9)
score = model(images)
log_prob = torch.nn.functional.log_softmax(score, dim=1)
loss = -torch.sum(log_prob * smoothed_labels) / N
optimizer.zero_grad()
loss.backward()
optimizer.step()
L1 正则化
l1_regularization = torch.nn.L1Loss(reduction='sum')
loss = ... # Standard cross-entropy loss
for param in model.parameters():
loss += torch.sum(torch.abs(param))
loss.backward()
不对偏置项进行权重衰减(weight decay)
pytorch里的weight decay相当于l2正则
bias_list = (param for name, param in model.named_parameters() if name[-4:] == 'bias')
others_list = (param for name, param in model.named_parameters() if name[-4:] != 'bias')
parameters = [{'parameters': bias_list, 'weight_decay': 0},
{'parameters': others_list}]
optimizer = torch.optim.SGD(parameters, lr=1e-2, momentum=0.9, weight_decay=1e-4)
梯度裁剪(gradient clipping)
torch.nn.utils.clip_grad_norm_(model.parameters(), max_norm=20)
得到当前学习率
# If there is one global learning rate (which is the common case).
lr = next(iter(optimizer.param_groups))['lr']
# If there are multiple learning rates for different layers.
all_lr = []
for param_group in optimizer.param_groups:
all_lr.append(param_group['lr'])
另一种方法,在一个batch训练代码里,当前的lr是
optimizer.param_groups[0]['lr']
学习率衰减
# Reduce learning rate when validation accuarcy plateau.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.ReduceLROnPlateau(optimizer, mode='max', patience=5, verbose=True)
for t in range(0, 80):
train(...)
val(...)
scheduler.step(val_acc)
# Cosine annealing learning rate.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.CosineAnnealingLR(optimizer, T_max=80)
# Reduce learning rate by 10 at given epochs.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.MultiStepLR(optimizer, milestones=[50, 70], gamma=0.1)
for t in range(0, 80):
scheduler.step()
train(...)
val(...)
# Learning rate warmup by 10 epochs.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.LambdaLR(optimizer, lr_lambda=lambda t: t / 10)
for t in range(0, 10):
scheduler.step()
train(...)
val(...)
优化器链式更新
从1.4版本开始,torch.optim.lr_scheduler 支持链式更新(chaining),即用户可以定义两个 schedulers,并交替在训练中使用。
import torch
from torch.optim import SGD
from torch.optim.lr_scheduler import ExponentialLR, StepLR
model = [torch.nn.Parameter(torch.randn(2, 2, requires_grad=True))]
optimizer = SGD(model, 0.1)
scheduler1 = ExponentialLR(optimizer, gamma=0.9)
scheduler2 = StepLR(optimizer, step_size=3, gamma=0.1)
for epoch in range(4):
print(epoch, scheduler2.get_last_lr()[0])
optimizer.step()
scheduler1.step()
scheduler2.step()
模型训练可视化
PyTorch可以使用tensorboard来可视化训练过程。
安装和运行TensorBoard。
pip install tensorboard
tensorboard --logdir=runs
使用SummaryWriter类来收集和可视化相应的数据,放了方便查看,可以使用不同的文件夹,比如'Loss/train'和'Loss/test'。
from torch.utils.tensorboard import SummaryWriter
import numpy as np
writer = SummaryWriter()
for n_iter in range(100):
writer.add_scalar('Loss/train', np.random.random(), n_iter)
writer.add_scalar('Loss/test', np.random.random(), n_iter)
writer.add_scalar('Accuracy/train', np.random.random(), n_iter)
writer.add_scalar('Accuracy/test', np.random.random(), n_iter)
保存与加载断点
注意为了能够恢复训练,我们需要同时保存模型和优化器的状态,以及当前的训练轮数。
start_epoch = 0
# Load checkpoint.
if resume: # resume为参数,第一次训练时设为0,中断再训练时设为1
model_path = os.path.join('model', 'best_checkpoint.pth.tar')
assert os.path.isfile(model_path)
checkpoint = torch.load(model_path)
best_acc = checkpoint['best_acc']
start_epoch = checkpoint['epoch']
model.load_state_dict(checkpoint['model'])
optimizer.load_state_dict(checkpoint['optimizer'])
print('Load checkpoint at epoch {}.'.format(start_epoch))
print('Best accuracy so far {}.'.format(best_acc))
# Train the model
for epoch in range(start_epoch, num_epochs):
...
# Test the model
...
# save checkpoint
is_best = current_acc > best_acc
best_acc = max(current_acc, best_acc)
checkpoint = {
'best_acc': best_acc,
'epoch': epoch + 1,
'model': model.state_dict(),
'optimizer': optimizer.state_dict(),
}
model_path = os.path.join('model', 'checkpoint.pth.tar')
best_model_path = os.path.join('model', 'best_checkpoint.pth.tar')
torch.save(checkpoint, model_path)
if is_best:
shutil.copy(model_path, best_model_path)
5.其他注意事项
数据读取
使用read_csv读取一次原始文件,将dataframe存储为HDF或者feather格式。一般情况下HDF的读取比读取csv文件快几十倍,但HDF文件在大小上会稍微大一些。
Tricks
- 建议有参数的层和汇合(pooling)层使用
torch.nn模块定义,激活函数直接使用torch.nn.functional。torch.nn模块和torch.nn.functional的区别在于,torch.nn模块在计算时底层调用了torch.nn.functional,但torch.nn模块包括该层参数,还可以应对训练和测试两种网络状态。使用torch.nn.functional时要注意网络状态,如
def forward(self, x):
...
x = torch.nn.functional.dropout(x, p=0.5, training=self.training)
- 不要使用太大的线性层。因为nn.Linear(m,n)使用的是O(mn)的内存,线性层太大很容易超出现有显存。
- 不要在太长的序列上使用RNN。因为RNN反向传播使用的是BPTT算法,其需要的内存和输入序列的长度呈线性关系。
- model(x) 前用
model.train()和model.eval()切换网络状态。 - 不需要计算梯度的代码块用 with torch.no_grad() 包含起来。
model.eval()和torch.no_grad()的区别在于,model.eval()是将网络切换为测试状态,例如 BN 和dropout在训练和测试阶段使用不同的计算方法。torch.no_grad()是关闭 PyTorch 张量的自动求导机制,以减少存储使用和加速计算,得到的结果无法进行loss.backward()。model.zero_grad()会把整个模型的参数的梯度都归零, 而optimizer.zero_grad()只会把传入其中的参数的梯度归零。- torch.nn.CrossEntropyLoss 的输入不需要经过 Softmax。torch.nn.CrossEntropyLoss 等价于 torch.nn.functional.log_softmax + torch.nn.NLLLoss。
loss.backward()前用optimizer.zero_grad()清除累积梯度。torch.utils.data.DataLoader中尽量设置pin_memory=True,对特别小的数据集如 MNIST 设置pin_memory=False反而更快一些。num_workers的设置需要在实验中找到最快的取值。- 用
del及时删除不用的中间变量,节约 GPU 存储。 - 使用
inplace操作可节约 GPU 存储,如
x = torch.nn.functional.relu(x, inplace=True)
- 减少 CPU 和 GPU 之间的数据传输。例如如果你想知道一个 epoch 中每个 mini-batch 的 loss 和准确率,先将它们累积在 GPU 中等一个 epoch 结束之后一起传输回 CPU 会比每个 mini-batch 都进行一次 GPU 到 CPU 的传输更快。
- 使用半精度浮点数
half()会有一定的速度提升,具体效率依赖于 GPU 型号。需要小心数值精度过低带来的稳定性问题。 - 时常使用
assert tensor.size() == (N, D, H, W)作为调试手段,确保张量维度和你设想中一致。 - 除了标记 y 外,尽量少使用一维张量,使用 n*1 的二维张量代替,可以避免一些意想不到的一维张量计算结果。
- 统计代码各部分耗时
with torch.autograd.profiler.profile(enabled=True, use_cuda=False) as profile:
...
print(profile)
# 或者在命令行运行
python -m torch.utils.bottleneck main.py
- 使用TorchSnooper来调试PyTorch代码,程序在执行的时候,就会自动 print 出来每一行的执行结果的 tensor 的形状、数据类型、设备、是否需要梯度的信息。
# pip install torchsnooper
import torchsnooper
# 对于函数,使用修饰器
@torchsnooper.snoop()
# 如果不是函数,使用 with 语句来激活 TorchSnooper,把训练的那个循环装进 with 语句中去。
with torchsnooper.snoop():
原本的代码
- 训练过程记录及可视化:
wandbcomet_mlmlflow
- 一些扩展包:
torch-optimizer:实现了最新的一些优化器.fastai:有一些评价指标numba:import numba as nb,纯python或numpy函数加装饰器,加速计算,加@nb.njit或@nb.jit(nopython=True)swifter:df.apply()→df.swifter.apply(),加速pandascaptum:可解释性cupy:加速pandas,1000万以上数据更快modin:import modin.pandas as mdpd,用mdpd代替pd即可,加速pandas,加载数据和查询数据更快,统计方法pandas更快