1.基本配置

导入包和版本查询

import torch
import torch.nn as nn
import torchvision
print(torch.__version__)# PyTorch version
print(torch.version.cuda)#Corresponding CUDA version
print(torch.backends.cudnn.version())#Corresponding cuDNN version
print(torch.cuda.get_device_name(0))#GPU type

可复现性

在硬件设备(CPU、GPU)不同时,完全的可复现性无法保证,即使随机种子相同。但是,在同一个设备上,应该保证可复现性。具体做法是,在程序开始的时候固定torch的随机种子,同时也把numpy的随机种子固定。

np.random.seed(0)
torch.manual_seed(0)
torch.cuda.manual_seed_all(0)

显卡设置

如果只需要一张显卡

# Device configuration
device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')

如果需要指定多张显卡,比如0,1号显卡。

import os
os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0,1'

也可以在命令行运行代码时设置显卡:

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1 python train.py

清除显存:

torch.cuda.empty_cache()

也可以使用在命令行重置GPU的指令:

nvidia-smi --gpu-reset -i [gpu_id]

或在命令行可以先使用ps找到程序的PID,再使用kill结束该进程

ps aux | grep python
kill -9 [pid]

设置为cuDNN benchmark模式

Benchmark模式会提升计算速度,但是由于计算中有随机性,每次网络前馈结果略有差异。

torch.backends.cudnn.benchmark = True

如果想要避免这种结果波动,设置

torch.backends.cudnn.deterministic = True

2.张量(Tensor)处理

创建张量

#data只能是已知的数据,不能是数据的维度
torch.tensor(data)
#可以是data,也可以是维度
#data:
torch.Tensor(data)
#维度,维度为(1,2,3)
torch.Tensor(1,2,3)

张量基本信息

tensor = torch.randn(3,4,5)
print(tensor.type())  # 数据类型
print(tensor.size())  # 张量的shape,是个元组
print(tensor.dim())   # 维度的数量

切片与索引

将图片设定为[batch_size, channel, height, width]的四维矩阵。

a = torch.rand(4, 3, 28, 28)

对第一维进行索引,可以认为是第一个图片的三个维度通道的28*28的像素点。:

print(a[0].size())
torch.Size([3, 28, 28])

第一个图片的第一个维度通道的28*28的像素点:

print(a[0, 0].size())
torch.Size([28, 28])

具体到某一个像素点时:

print(a[0, 0, 2, 3])
tensor(0.4736)

取连续的索引:

print(a[:2].shape)
torch.Size([2, 3, 28, 28])

同理:

# 1写在:前面,表明从1个通道开始到末尾,,不包括1
print(a[:2, 1:, :, :].shape)

当索引出现-1时,要提到一个知识点:

# 默认索引的顺序为[0, 1, 2],当倒着写时变为[-3, -2, -1]。由于这里取-1,因此为最后一位。
print(a[:2, -1:, :, :].shape)
torch.Size([2, 1, 28, 28])

当想隔点取样输出时:

#输出全部batch和channel,对每个高和宽间隔2个点采样
print(a[:, :, 0:28:2, 0:28:2].shape)
torch.Size([4, 3, 14, 14])
#可简化为:
print(a[:, :, ::2, ::2].shape)

命名变量

# 在PyTorch 1.3之前,需要使用注释
# Tensor[N, C, H, W]
images = torch.randn(32, 3, 56, 56)
images.sum(dim=1)
images.select(dim=1, index=0)

# PyTorch 1.3之后
NCHW = [‘N’, ‘C’, ‘H’, ‘W’]
images = torch.randn(32, 3, 56, 56, names=NCHW)
images.sum('C')
images.select('C', index=0)
# 也可以这么设置
tensor = torch.rand(3,4,1,2,names=('C', 'N', 'H', 'W'))
# 使用align_to可以对维度方便地排序
tensor = tensor.align_to('N', 'C', 'H', 'W')

数据类型转换

# 设置默认类型,pytorch中的FloatTensor远远快于DoubleTensor
torch.set_default_tensor_type(torch.FloatTensor)

# 类型转换
tensor = tensor.cuda()
tensor = tensor.cpu()
tensor = tensor.float()
tensor = tensor.long()

torch.Tensor与np.ndarray转换

除了CharTensor,其他所有CPU上的张量都支持转换为numpy格式然后再转换回来。

ndarray = tensor.cpu().numpy()
tensor = torch.from_numpy(ndarray).float()
tensor = torch.from_numpy(ndarray.copy()).float() # If ndarray has negative stride.

从只包含一个元素的张量中提取值

value = torch.rand(1).item()

张量形变

# 在将卷积层输入全连接层的情况下通常需要对张量做形变处理,
# 相比torch.view,torch.reshape可以自动处理输入张量不连续的情况。
tensor = torch.rand(2,3,4)
shape = (6, 4)
tensor = torch.reshape(tensor, shape)

张量复制

# Operation                 |  New/Shared memory | Still in computation graph |
tensor.clone()            # |        New         |          Yes               |
tensor.detach()           # |      Shared        |          No                |
tensor.detach.clone()()   # |        New         |          No                |

张量拼接

'''
注意torch.cat和torch.stack的区别在于torch.cat沿着给定的维度拼接,
而torch.stack会新增一维。例如当参数是3个10x5的张量,torch.cat的结果是30x5的张量,
而torch.stack的结果是3x10x5的张量。
'''
tensor = torch.cat(list_of_tensors, dim=0)
tensor = torch.stack(list_of_tensors, dim=0)

将整数标签转为one-hot编码

# pytorch的标记默认从0开始
tensor = torch.tensor([0, 2, 1, 3])
N = tensor.size(0)
num_classes = 4
one_hot = torch.zeros(N, num_classes).long()
one_hot.scatter_(dim=1, index=torch.unsqueeze(tensor, dim=1), src=torch.ones(N, num_classes).long())

得到非零元素

torch.nonzero(tensor)               # index of non-zero elements,包含点坐标的列表向量
torch.nonzero(tensor==0)            # index of zero elements
torch.nonzero(tensor).size(0)       # number of non-zero elements
torch.nonzero(tensor == 0).size(0)  # number of zero elements

判断两个张量相等

torch.allclose(tensor1, tensor2)  # float tensor
torch.equal(tensor1, tensor2)     # int tensor

张量扩展

# Expand tensor of shape 64*512 to shape 64*512*7*7.
tensor = torch.rand(64,512)
torch.reshape(tensor, (64, 512, 1, 1)).expand(64, 512, 7, 7)

矩阵乘法

# Matrix multiplcation: (m*n) * (n*p) * -> (m*p).
result = torch.mm(tensor1, tensor2)

# Batch matrix multiplication: (b*m*n) * (b*n*p) -> (b*m*p)
result = torch.bmm(tensor1, tensor2)

# Element-wise multiplication.
result = tensor1 * tensor2

计算两组数据之间的两两欧式距离

利用broadcast机制

dist = torch.sqrt(torch.sum((X1[:,None,:] - X2) ** 2, dim=2))

3.模型定义和操作

计算模型整体参数量

num_parameters = sum(torch.numel(parameter) for parameter in model.parameters())

查看网络中的参数

可以通过model.state_dict()或者model.named_parameters()函数查看现在的全部可训练参数(包括通过继承得到的父类中的参数)

params = list(model.named_parameters())
(name, param) = params[28]
print(name)
print(param.grad)
print('-------------------------------------------------')
(name2, param2) = params[29]
print(name2)
print(param2.grad)
print('----------------------------------------------------')
(name1, param1) = params[30]
print(name1)
print(param1.grad)

类似 Keras 的 model.summary() 输出模型信息(使用pytorch-summary )

模型权重初始化

注意 model.modules() 和 model.children() 的区别:model.modules() 会迭代地遍历模型的所有子层,而 model.children() 只会遍历模型下的一层。

# Common practise for initialization.
for layer in model.modules():
    if isinstance(layer, torch.nn.Conv2d):
        torch.nn.init.kaiming_normal_(layer.weight, mode='fan_out',
                                      nonlinearity='relu')
        if layer.bias is not None:
            torch.nn.init.constant_(layer.bias, val=0.0)
    elif isinstance(layer, torch.nn.BatchNorm2d):
        torch.nn.init.constant_(layer.weight, val=1.0)
        torch.nn.init.constant_(layer.bias, val=0.0)
    elif isinstance(layer, torch.nn.Linear):
        torch.nn.init.xavier_normal_(layer.weight)
        if layer.bias is not None:
            torch.nn.init.constant_(layer.bias, val=0.0)

# Initialization with given tensor.
layer.weight = torch.nn.Parameter(tensor)

提取模型中的某一层

modules()会返回模型中所有模块的迭代器,它能够访问到最内层,比如self.layer1.conv1这个模块,还有一个与它们相对应的是name_children()属性以及named_modules(),这两个不仅会返回模块的迭代器,还会返回网络层的名字。

# 取模型中的前两层
new_model = nn.Sequential(*list(model.children())[:2] 
# 如果希望提取出模型中的所有卷积层,可以像下面这样操作:
for layer in model.named_modules():
    if isinstance(layer[1],nn.Conv2d):
         conv_model.add_module(layer[0],layer[1])

部分层使用预训练模型

注意如果保存的模型是 torch.nn.DataParallel,则当前的模型也需要是

model.load_state_dict(torch.load('model.pth'), strict=False)

4.模型训练和测试

model.eval()with torch.no_grad()的区别

在PyTorch中进行validation时,会使用model.eval()切换到测试模式,在该模式下,

  • 主要用于通知dropout层和batchnorm层在train和val模式间切换
    在train模式下,dropout网络层会按照设定的参数p设置保留激活单元的概率(保留概率=p); batchnorm层会继续计算数据的mean和var等参数并更新。
    在val模式下,dropout层会让所有的激活单元都通过,而batchnorm层会停止计算和更新mean和var,直接使用在训练阶段已经学出的mean和var值。
  • 该模式不会影响各层的gradient计算行为,即gradient计算和存储与training模式一样,只是不进行反传(backprobagation)
    with torch.zero_grad()则主要是用于停止autograd模块的工作,以起到加速和节省显存的作用,具体行为就是停止gradient计算,从而节省了GPU算力和显存,但是并不会影响dropout和batchnorm层的行为。

使用场景

如果不在意显存大小和计算时间的话,仅仅使用model.eval()已足够得到正确的validation的结果;而with torch.zero_grad()则是更进一步加速和节省gpu空间(因为不用计算和存储gradient),从而可以更快计算,也可以跑更大的batch来测试。

自定义loss

继承torch.nn.Module类写自己的loss。

class MyLoss(torch.nn.Moudle):
    def __init__(self):
        super(MyLoss, self).__init__()
        
    def forward(self, x, y):
        loss = torch.mean((x - y) ** 2)
        return loss

标签平滑(label smoothing)

写一个label_smoothing.py的文件,然后在训练代码里引用,用LSR代替交叉熵损失即可。label_smoothing.py内容如下:

import torch
import torch.nn as nn


class LSR(nn.Module):

    def __init__(self, e=0.1, reduction='mean'):
        super().__init__()

        self.log_softmax = nn.LogSoftmax(dim=1)
        self.e = e
        self.reduction = reduction
    
    def _one_hot(self, labels, classes, value=1):
        """
            Convert labels to one hot vectors
        
        Args:
            labels: torch tensor in format [label1, label2, label3, ...]
            classes: int, number of classes
            value: label value in one hot vector, default to 1
        
        Returns:
            return one hot format labels in shape [batchsize, classes]
        """

        one_hot = torch.zeros(labels.size(0), classes)

        #labels and value_added  size must match
        labels = labels.view(labels.size(0), -1)
        value_added = torch.Tensor(labels.size(0), 1).fill_(value)

        value_added = value_added.to(labels.device)
        one_hot = one_hot.to(labels.device)

        one_hot.scatter_add_(1, labels, value_added)

        return one_hot

    def _smooth_label(self, target, length, smooth_factor):
        """convert targets to one-hot format, and smooth
        them.
        Args:
            target: target in form with [label1, label2, label_batchsize]
            length: length of one-hot format(number of classes)
            smooth_factor: smooth factor for label smooth
        
        Returns:
            smoothed labels in one hot format
        """
        one_hot = self._one_hot(target, length, value=1 - smooth_factor)
        one_hot += smooth_factor / (length - 1)

        return one_hot.to(target.device)

    def forward(self, x, target):

        if x.size(0) != target.size(0):
            raise ValueError('Expected input batchsize ({}) to match target batch_size({})'
                    .format(x.size(0), target.size(0)))

        if x.dim() < 2:
            raise ValueError('Expected input tensor to have least 2 dimensions(got {})'
                    .format(x.size(0)))

        if x.dim() != 2:
            raise ValueError('Only 2 dimension tensor are implemented, (got {})'
                    .format(x.size()))


        smoothed_target = self._smooth_label(target, x.size(1), self.e)
        x = self.log_softmax(x)
        loss = torch.sum(- x * smoothed_target, dim=1)

        if self.reduction == 'none':
            return loss
        
        elif self.reduction == 'sum':
            return torch.sum(loss)
        
        elif self.reduction == 'mean':
            return torch.mean(loss)
        
        else:
            raise ValueError('unrecognized option, expect reduction to be one of none, mean, sum')

或者直接在训练文件里做label smoothing

for images, labels in train_loader:
    images, labels = images.cuda(), labels.cuda()
    N = labels.size(0)
    # C is the number of classes.
    smoothed_labels = torch.full(size=(N, C), fill_value=0.1 / (C - 1)).cuda()
    smoothed_labels.scatter_(dim=1, index=torch.unsqueeze(labels, dim=1), value=0.9)

    score = model(images)
    log_prob = torch.nn.functional.log_softmax(score, dim=1)
    loss = -torch.sum(log_prob * smoothed_labels) / N
    optimizer.zero_grad()
    loss.backward()
    optimizer.step()    

L1 正则化

l1_regularization = torch.nn.L1Loss(reduction='sum')
loss = ...  # Standard cross-entropy loss
for param in model.parameters():
    loss += torch.sum(torch.abs(param))
loss.backward()

不对偏置项进行权重衰减(weight decay)

pytorch里的weight decay相当于l2正则

bias_list = (param for name, param in model.named_parameters() if name[-4:] == 'bias')
others_list = (param for name, param in model.named_parameters() if name[-4:] != 'bias')
parameters = [{'parameters': bias_list, 'weight_decay': 0},                
              {'parameters': others_list}]
optimizer = torch.optim.SGD(parameters, lr=1e-2, momentum=0.9, weight_decay=1e-4)

梯度裁剪(gradient clipping)

torch.nn.utils.clip_grad_norm_(model.parameters(), max_norm=20)

得到当前学习率

# If there is one global learning rate (which is the common case).
lr = next(iter(optimizer.param_groups))['lr']

# If there are multiple learning rates for different layers.
all_lr = []
for param_group in optimizer.param_groups:
    all_lr.append(param_group['lr'])

另一种方法,在一个batch训练代码里,当前的lr是

optimizer.param_groups[0]['lr']

学习率衰减

# Reduce learning rate when validation accuarcy plateau.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.ReduceLROnPlateau(optimizer, mode='max', patience=5, verbose=True)
for t in range(0, 80):
    train(...)
    val(...)
    scheduler.step(val_acc)

# Cosine annealing learning rate.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.CosineAnnealingLR(optimizer, T_max=80)
# Reduce learning rate by 10 at given epochs.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.MultiStepLR(optimizer, milestones=[50, 70], gamma=0.1)
for t in range(0, 80):
    scheduler.step()    
    train(...)
    val(...)

# Learning rate warmup by 10 epochs.
scheduler = torch.optim.lr_scheduler.LambdaLR(optimizer, lr_lambda=lambda t: t / 10)
for t in range(0, 10):
    scheduler.step()
    train(...)
    val(...)

优化器链式更新

从1.4版本开始,torch.optim.lr_scheduler 支持链式更新(chaining),即用户可以定义两个 schedulers,并交替在训练中使用。

import torch
from torch.optim import SGD
from torch.optim.lr_scheduler import ExponentialLR, StepLR
model = [torch.nn.Parameter(torch.randn(2, 2, requires_grad=True))]
optimizer = SGD(model, 0.1)
scheduler1 = ExponentialLR(optimizer, gamma=0.9)
scheduler2 = StepLR(optimizer, step_size=3, gamma=0.1)
for epoch in range(4):
    print(epoch, scheduler2.get_last_lr()[0])
    optimizer.step()
    scheduler1.step()
    scheduler2.step()

模型训练可视化

PyTorch可以使用tensorboard来可视化训练过程。
安装和运行TensorBoard。

pip install tensorboard
tensorboard --logdir=runs

使用SummaryWriter类来收集和可视化相应的数据,放了方便查看,可以使用不同的文件夹,比如'Loss/train'和'Loss/test'。

from torch.utils.tensorboard import SummaryWriter
import numpy as np

writer = SummaryWriter()

for n_iter in range(100):
    writer.add_scalar('Loss/train', np.random.random(), n_iter)
    writer.add_scalar('Loss/test', np.random.random(), n_iter)
    writer.add_scalar('Accuracy/train', np.random.random(), n_iter)
    writer.add_scalar('Accuracy/test', np.random.random(), n_iter)

保存与加载断点

注意为了能够恢复训练,我们需要同时保存模型和优化器的状态,以及当前的训练轮数。

start_epoch = 0
# Load checkpoint.
if resume: # resume为参数,第一次训练时设为0,中断再训练时设为1
    model_path = os.path.join('model', 'best_checkpoint.pth.tar')
    assert os.path.isfile(model_path)
    checkpoint = torch.load(model_path)
    best_acc = checkpoint['best_acc']
    start_epoch = checkpoint['epoch']
    model.load_state_dict(checkpoint['model'])
    optimizer.load_state_dict(checkpoint['optimizer'])
    print('Load checkpoint at epoch {}.'.format(start_epoch))
    print('Best accuracy so far {}.'.format(best_acc))

# Train the model
for epoch in range(start_epoch, num_epochs): 
    ... 

    # Test the model
    ...
        
    # save checkpoint
    is_best = current_acc > best_acc
    best_acc = max(current_acc, best_acc)
    checkpoint = {
        'best_acc': best_acc,
        'epoch': epoch + 1,
        'model': model.state_dict(),
        'optimizer': optimizer.state_dict(),
    }
    model_path = os.path.join('model', 'checkpoint.pth.tar')
    best_model_path = os.path.join('model', 'best_checkpoint.pth.tar')
    torch.save(checkpoint, model_path)
    if is_best:
        shutil.copy(model_path, best_model_path)

5.其他注意事项

数据读取

使用read_csv读取一次原始文件,将dataframe存储为HDF或者feather格式。一般情况下HDF的读取比读取csv文件快几十倍,但HDF文件在大小上会稍微大一些。

Tricks

  1. 建议有参数的层和汇合(pooling)层使用torch.nn模块定义,激活函数直接使用torch.nn.functional。torch.nn模块和torch.nn.functional的区别在于,torch.nn模块在计算时底层调用了torch.nn.functional,但torch.nn模块包括该层参数,还可以应对训练和测试两种网络状态。使用torch.nn.functional时要注意网络状态,如
def forward(self, x):
  ...
  x = torch.nn.functional.dropout(x, p=0.5, training=self.training)
  1. 不要使用太大的线性层。因为nn.Linear(m,n)使用的是O(mn)的内存,线性层太大很容易超出现有显存。
  2. 不要在太长的序列上使用RNN。因为RNN反向传播使用的是BPTT算法,其需要的内存和输入序列的长度呈线性关系。
  3. model(x) 前用 model.train()model.eval() 切换网络状态。
  4. 不需要计算梯度的代码块用 with torch.no_grad() 包含起来。
  5. model.eval()torch.no_grad() 的区别在于,model.eval() 是将网络切换为测试状态,例如 BN 和dropout在训练和测试阶段使用不同的计算方法。torch.no_grad()是关闭 PyTorch 张量的自动求导机制,以减少存储使用和加速计算,得到的结果无法进行 loss.backward()
  6. model.zero_grad()会把整个模型的参数的梯度都归零, 而optimizer.zero_grad()只会把传入其中的参数的梯度归零。
  7. torch.nn.CrossEntropyLoss 的输入不需要经过 Softmax。torch.nn.CrossEntropyLoss 等价于 torch.nn.functional.log_softmax + torch.nn.NLLLoss。
  8. loss.backward()前用 optimizer.zero_grad() 清除累积梯度。
  9. torch.utils.data.DataLoader 中尽量设置 pin_memory=True,对特别小的数据集如 MNIST 设置 pin_memory=False 反而更快一些。num_workers 的设置需要在实验中找到最快的取值。
  10. del及时删除不用的中间变量,节约 GPU 存储。
  11. 使用 inplace 操作可节约 GPU 存储,如
x = torch.nn.functional.relu(x, inplace=True)
  1. 减少 CPU 和 GPU 之间的数据传输。例如如果你想知道一个 epoch 中每个 mini-batch 的 loss 和准确率,先将它们累积在 GPU 中等一个 epoch 结束之后一起传输回 CPU 会比每个 mini-batch 都进行一次 GPU 到 CPU 的传输更快。
  2. 使用半精度浮点数 half()会有一定的速度提升,具体效率依赖于 GPU 型号。需要小心数值精度过低带来的稳定性问题。
  3. 时常使用 assert tensor.size() == (N, D, H, W) 作为调试手段,确保张量维度和你设想中一致。
  4. 除了标记 y 外,尽量少使用一维张量,使用 n*1 的二维张量代替,可以避免一些意想不到的一维张量计算结果。
  5. 统计代码各部分耗时
with torch.autograd.profiler.profile(enabled=True, use_cuda=False) as profile:
    ...
print(profile)

# 或者在命令行运行
python -m torch.utils.bottleneck main.py
  1. 使用TorchSnooper来调试PyTorch代码,程序在执行的时候,就会自动 print 出来每一行的执行结果的 tensor 的形状、数据类型、设备、是否需要梯度的信息。
# pip install torchsnooper
import torchsnooper

# 对于函数,使用修饰器
@torchsnooper.snoop()

# 如果不是函数,使用 with 语句来激活 TorchSnooper,把训练的那个循环装进 with 语句中去。
with torchsnooper.snoop():
    原本的代码
  1. 训练过程记录及可视化:
  • wandb
  • comet_ml
  • mlflow
  1. 一些扩展包:
  • torch-optimizer:实现了最新的一些优化器.
  • fastai:有一些评价指标
  • numba:import numba as nb,纯pythonnumpy函数加装饰器,加速计算,加@nb.njit或@nb.jit(nopython=True)
  • swifter:df.apply()df.swifter.apply(),加速pandas
  • captum:可解释性
  • cupy:加速pandas,1000万以上数据更快
  • modin:import modin.pandas as mdpd,用mdpd代替pd即可,加速pandas,加载数据和查询数据更快,统计方法pandas更快